Het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport heeft meerdere keren gevraagd om een advies van het Outbreak Management Team (OMT) inhoudelijk te wijzigen. Uit documenten die het ministerie heeft vrijgegeven blijkt dat bijvoorbeeld het ministerie aan het begin van de crisis, in maart 2020, voorstelde om een oproep aan zorgmedewerkers om zuinig te zijn met mondkapjes weg te halen aangezien het een te "harde binnenkomer" zou zijn. Dit omdat zij "natuurlijk al heel zuinig zijn en 'gillen' om extra maskers". Het OMT gaf daar geen gehoor aan, blijkt uit het advies dat uiteindelijk is verstuurd.

Minister van Volksgezondheid Ernst Kuipers heeft meer dan vierhonderd pagina's aan interne communicatie over de OMT-adviezen aan de Tweede Kamer gestuurd. Daaruit blijkt dat de meeste opmerkingen van het ministerie erop gericht waren om onduidelijkheden weg te nemen. Toch is ook een aantal keer geprobeerd iets aan de inhoud te wijzigen. Soms nam het OMT de voorstellen van het ministerie over, soms ook niet.

Mei 2020 werd over en weer gemaild over het advies dat het OMT uitbracht over bezoek aan ouderen. Een ambtenaar van het ministerie klaagde dat het advies van het OMT ingewikkelder en strenger is dan wat het kabinet eerder had gezegd. "Moet dit nu mee met OMT?" vraagt de ambtenaar zich af. Hij of zij oppert ook om er nog een week over na te denken.

Het RIVM wierp terug dat de deskundigen "het voorstel dat hen voorgelegd werd niet streng genoeg" vonden. "Qua communicatie gaat dit niet werken vrees ik en bewindspersonen gaan het op deze manier ook niet doen", reageert VWS daarop. Ook deze uitgebreide notitie met adviezen over bezoek aan ouderen is uiteindelijk wel gewoon gepubliceerd.

Een opmerking dat grote drukte bij het bron- en contactonderzoek mogelijk zorgt voor langere wachttijden bij de GGD is in december van dat jaar wel verwijderd door het OMT. Hier had VWS voor zover uit de stukken blijkt niet expliciet om gevraagd. Wel had het ministerie kritiek op de tekst omdat die geen recht zou doen aan "de inspanningen die zijn geleverd om te zorgen dat er voldoende testcapaciteit is".

Iets soortgelijks gebeurde met een verzoek uit mei vorig jaar naar aanleiding van een discussie over de heropening van scholen. Toen suggereerde het OMT aanvankelijk om ongevaccineerde leraren sneller een vaccinatie aan te bieden omdat die nog niet allemaal geprikt waren. "Misschien is het beter als het OMT constateert dat nog niet alle leraren gevaccineerd zijn?", brengt een ambtenaar daartegenin. Wat die daarmee bedoelde, wordt niet helemaal duidelijk. In het uiteindelijke advies kwam juist te staan dat leraren sneller prikken geen zin had omdat daarmee de scholen toch niet eerder open konden.